A primeira aparição dos heróis mutantes da Marvel aconteceu na revista The Uncanny X-Men 1, em Setembro de 1963, quando o mundo acreditava que poucos desses tipos andavam pelo Universo. Tanto é que, na história, o próprio Professor Xavier pensava ser o mais antigo mutante da história do Universo Marvel. O interessante da então nova série era tratar de uma variedade de poderes em diversos personagens. Apesar do tema preconceito racial ser destacado no texto de Lee, os X-Men pouco tinha de perseguidos, sendo considerados verdadeiros heróis uniformizados em defesa do país.

A história mostra a Escola Para Jovens Superdotados, dirigida pelo Professor Charles Xavier, que também é mutante e tem vastos poderes mentais. Os alunos presentes nessa época são Cíclope (dispara raios pelos olhos), Fera (habilidade acrobáticas), Homem de Gelo (pode criar gelo e tem a aparência de um boneco de neve) e Anjo (possui asas e pode voar). Na primeira aventura, uma nova aluna chega a Escola: Jean Grey, que tem poderes telecinéticos (consegue mover objetos com a força do pensamento) e recebe o codinome de Garota Marvel.

Logo, o Professor Xavier chama seus alunos para o que pode ser sua primeira missão. Um poderoso mutante que controla o magnetismo invadiu uma base militar. Ele chama a si mesmo de Magneto. Os X-Men chegam ao local e, graças ao trabalho em grupo, fruto do treinamento dado por Xavier, conseguem deter o vilão. No entanto, trata-se realmente de um poderoso mutante e ele consegue fugir. Os X-Men se apresentam aos militares e mostram que estão de prontidão para defender a nação. Atendendo a um chamado telepático, o grupo retorna para a Escola.

Boa parte das aventuras iniciais dos X-Men eram dedicadas ao treinamento e entrosamento dos personagens. Xavier, em muitas ocasiões, mais parecia um sargento severo que exigia o máximo de sua tropa. Ainda assim, essa linha dura era necessária pois os integrantes se portavam como pré-adolescentes desencanados.

Discretamente, o relacionamento entre a Garota Marvel e Cíclope (líder e mais “caxias” dos alunos) mostrava que eles seriam mais do que amigos no futuro (para o desespero ciumento dos outros integrantes). Aliás, nas entrelinhas, o roteiro das primeiras histórias dá a entender que o próprio Professor X estava se encantando com a nova aluna.

Com o tempo, os X-Men se tornariam personagens editorialmente tão marginalizados quanto sua presença no Universo Marvel. Nesses primeiros anos de sua existência, os então poucos mutantes estavam longe de se tornar um sucesso “arrasa quarteirão” que mudaria até mesmo a indústria dos quadrinhos. Porém, a excentricidade de seus poderes foi suficiente para mantê-los interessantes aos olhos dos leitores.